●手续更简便通过一份简单的申请书，就可以指定所有95个成员国，相对于逐一国家进行国际(每个国家都要填一份不同的申请书)、申请书式的填写大大方便。
●费用更划算商标马德里国际注册的费用包括三部分：一是基础注册费，二是指定国家的费用，三是本国商标主管机关的费用。国际注册申请人可以在一份申请中指定一个或者多个成员国要求对其申请商标进行保护，无论指定一个成员国还是指定全部成员国，商标国际注册申请人均只需缴纳一份基础注册费，因此，指定的国家越多越合算。
●时间更节省马德里联盟对成员国审查商标的时间作出了具体要求：协定缔约方在收到国际局转交的申请后12个月内完成审查，议定缔约方在收到国际局转交的申请后18个月内完成审查;如此一来，对于那些实际审查期限非常长的国家，此种规定大大缩短了申请人为得到该国的商标注册保护而需等待的时间。比如意大利，如果到该国单独提出商标注册申请，正常情况下获得商标注册的时间约为3年—4年，而通过马德里国际注册体系，从申请到取得商标国际注册证书，再到意大利按规定能够花费的审查期限，全部时间加起来最长不超过20个月，比单独申请注册的时间短很多。
马德里注册体系的弊端：
●中心打击”原则通过商标马德里国际注册程序注册的商标，如果在注册之日起5年之内，基础注册或申请全部或部分被驳回、撤回、注销、撤销、放弃或宣布无效，那么，其效力及于所有指定国，即该商标不得再要求国际注册给予的保护，而不管该商标的国际注册是否已经被转让，这项规定被称为“中心打击”。
●通过马德里注册没有常规的注册证，只有指定国家的证明书。
●指定美国和欧盟成员国时，由于国内的很多产品名称与美国欧盟的产品名称不一样，经常会因为通过马德里延伸过去而被临时驳回，临时驳回后，需要答复官方意见，费用大约二千到三千不等。
单独商标注册其优缺点在于：
1.逐一的国家商标注册可以给产品出口型企业提供最稳妥、最有效、最直接商标保护。
2.逐一国家注册形式最为快捷便利，注册周期视各国法律和惯例而定。如在申请过程中出现一些问题，可以直接与国外合作方律师或代理进行沟通，对申请国注册的进展情况可以更明朗及时了解其流程，可以有效避免官方意见文件的发生。即使在被驳回后，也能非常准时、有效的提交复审文件。
3.申请人不需要在原属国提出基础申请，可以直接向所需要注册的国家提出申请，直接向各国提出申请是最普遍的申请方法。
4、商标注册成功后可直接常规注册证。通过马德里注册可以下载电子版本的注册证。
5、逐一国家注册的缺点：费用较高。
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